Die Ursprünge von St. Kunibert reichen bis in das 7. Jahrhundert zurück. Der Kölner Bischof Kunibert († um 663), einer der bedeutendsten Bischöfe der Merowingerzeit und Berater der fränkischen Könige, ließ nördlich der damaligen Römerstadt eine Kirche errichten, die ursprünglich dem heiligen Clemens geweiht war. Nach seinem Tod wurde Kunibert dort bestattet. Schon bald entwickelte sich sein Grab zu einem bedeutenden Wallfahrtsort, sodass die Kirche später seinen Namen erhielt.
Im Laufe des 9. Jahrhunderts entstand an der Kirche ein Kollegiatstift, das sich zu einer der bedeutendsten geistlichen Einrichtungen Kölns entwickelte. Die wachsende Bedeutung des Stiftes und die zunehmende Zahl der Pilger machten schließlich einen Neubau erforderlich. Um 1210 begann der Bau der heutigen spätromanischen Basilika. Während der Bauzeit wurde die ältere Kirche schrittweise ersetzt, sodass der Gottesdienst weiter stattfinden konnte. Nach rund vier Jahrzehnten Bauzeit wurde die neue Kirche 1247 feierlich geweiht – nur ein Jahr vor der Grundsteinlegung des Kölner Doms.
Über Jahrhunderte blieb St. Kunibert Mittelpunkt des Kollegiatstiftes und bewahrte die Reliquien ihres Namenspatrons. Mit der Säkularisation von 1802 wurde das Stift unter französischer Herrschaft aufgehoben. Die Kirche blieb erhalten, verlor jedoch ihre Funktion als Stiftskirche. Im 19. Jahrhundert folgten umfangreiche Restaurierungsarbeiten, bei denen man das mittelalterliche Erscheinungsbild wiederherzustellen versuchte und Schäden früherer Umbauten beseitigte.
Während des Zweiten Weltkriegs wurde St. Kunibert bei mehreren Luftangriffen schwer beschädigt. Vor allem der Westturm stürzte ein, Dächer und Gewölbe wurden teilweise zerstört, und auch das Langhaus erlitt erhebliche Schäden. Erfreulicherweise blieben der Ostchor und die berühmten mittelalterlichen Glasfenster weitgehend erhalten. Bereits kurz nach Kriegsende begann der Wiederaufbau. Bis 1955 waren die wichtigsten Arbeiten abgeschlossen; in den folgenden Jahren wurden Ausstattung und Innenraum schrittweise restauriert. Der Wiederaufbau orientierte sich eng am mittelalterlichen Bestand, sodass St. Kunibert heute wieder weitgehend das Erscheinungsbild des 13. Jahrhunderts vermittelt.

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